Im Zentrum des Masterplans stehen nach Angaben des Bayerischen Staatsministeriums für Umwelt und Verbraucherschutz nachhaltige Maßnahmen, die Eigentümer und Nutzer von Moorflächen auf freiwilliger Basis umsetzen. Der Fokus liegt auf einer moorverträglichen landwirtschaftlichen Nutzung. Durch das Projekt "MOORuse" der Hochschule Weihenstephan-Triesdorf sollen dazu unter Leitung von Prof. Dr. Matthias Drösler Nutzungsalternativen gefunden werden, um die Entwässerung der Moore zu stoppen. In dem Projekt, das 2016 gestartet wurde, werden moorschonende Nutzungsalternativen getestet, zum Beispiel der Anbau von "Sumpfpflanzen" wie Rohrkolben, Rohrglanzgras, Schilf und Seggen (sogenannte Paludikulturen).