Wenn die fleischigen Fruchtschalen der Walnuss zur Erntezeit eine schwarze Färbung und weiche, schleimige Konsistenz annehmen, machen sich wohl die Maden der Walnussfruchtfliege daran zu schaffen. Der innere Kern, die eigentliche Nuss, bleibt zwar unberührt, kann aber klein bleiben oder schrumpfen, wenn sich die Maden an der Fruchtschale verköstigen. Außerdem lässt sich die Nuss nur mehr schwer aus der schleimigen Hülle lösen. Zur Bekämpfung müssen die Maden daran gehindert werden, sich nach dem Fruchtfall zur Verpuppung in Boden zu verziehen. Befallene Früchte sollten deshalb möglichst bald und regelmäßig eingesammelt und im Restmüll entsorgt oder – falls möglich – verbrannt werden. Hilfreich ist ein engmaschiges Netz, das zur Zeit des Fruchtfalls über den Boden gedeckt wird, um die Maden am Unterschlupf zu hindern. Vorbeugend lässt sich das Netz auch von Juli bis August unter den Baum legen. In diesem Zeitraum schlüpfen die Fliegen aus dem Boden und machen sich auf die Suche nach frischen Nüssen zur Eiablage.