Im Gegensatz zu den altbekannten Essigfliegen, die vor allem an Fruchtabfällen lästig sind, kann die Kirschessigfliege gesunde reifende Früchte schädigen, indem sie mit Hilfe ihres sägeartigen Legeapparats Eier in die Frucht legen, von deren Fleisch sich die schlüpfenden Maden ernähren. Betroffen sind nur saftige, dünnhäutige Früchte, wie unsere Strauchbeeren oder Weintrauben. Mit Abstand am häufigsten aber werden Kirschen befallen. Der Befall zeigt sich zunächst in weichen Flecken, innerhalb weniger Tage fallen die Früchte ein und werden in der Folge von Fäulniserregern befallen. Zur Vorbeugung sollte man keine Früchte am Strauch belassen und abgefallene Früchte entfernen, weil sich darin Eier und Larven befinden könnten. Als Gegenmaßnahme hat es sich bisher bewährt, dichte, engmaschige Netze über die Kulturen zu legen sowie Tonmineralien wie Kaolin, in Wasser gelöst, vor der Ernte über die Früchte zu spritzen.